Διαφοροποιημένη έκφραση micro-rnas ανάμεσα σε ασθενείς διαφορετικού φύλλου με μυελοδυσπλαστικά σύνδρομα υψηλού κινδύνου υπό θεραπεία με αζακυτιδίνη

Abstract

Το επιγενετικό προφίλ των ασθενών με μυελοδυσπλατικά σύνδρομα (ΜΔΣ) πριν και μετά τη θεραπεία με απομεθυλιωτικούς παράγοντες του DNA, όπως η 5-Αζα- κυτιδίνη (ΑΖΑ) αποτελεί αντικείμενο μελέτης, καθώς οι συντελούμενες επιγενετικές τροποποιήσεις διαφέρουν στους ανταποκρινόμενους και τους μη ανταποκρινόμενους στη θεραπεία ασθενείς. Συνιστώσα της επιγενετικής αποτελεί και το micro-RNA (miRNA) μεταγράφωμα, ως απόκριση στον επιγενετικό επαναπρογραμματισμό του γονιδώματος που λαμβάνει χώρα μετά από θεραπεία με ΑΖΑ. Η διαφοροποίηση του miRNA μεταγραφώματος εμπλέκεται περαιτέρω σε μετα-μεταφραστικές τροποποιήσεις των μεταγράφων-στόχων των miRNAs, με αποτέλεσμα να επηρεάζεται σε πολλά επίπεδα η γονιδιακή ρύθμιση. Στη μελέτη μας αναλύθηκαν 7 ασθενείς με υψηλού κινδύνου ΜΔΣ, (4 άνδρες και 3 γυναίκες, διάμεσης ηλικίας 70 ετών) πριν και μετά την θεραπεία με ΑΖΑ. Οι ασθενείς κατηγοριοποιήθηκαν ως ανταποκρινόμενοι ή μη ανταποκρινόμενοι στη θεραπεία με βάση τα ισχύοντα αναγνωρισμένα κριτήρια ανταπόκρισης. Δείγματα ολικού RNA απομονώθηκαν από αιμοποιητικά κύτταρα μυελού πριν και μετά από 5-7 κύκλους θεραπείας με ΑΖΑ και διενεργήθηκε δημιουργία βιβλιοθηκών (QIAGEN) και παράλληλη αλληλούχηση miRNA-seq (Illumina). Βιοπληροφορική ανάλυση των αποτελεσμάτων με inhouse scripts ανέδειξε τα διαφορικά εκφρασμένα πρόδρομα και ώριμα miRNAs (adjusted p-value <0.05 και log2fold change cut-off =  1). Τα αποτελέσματα της ανάλυσης υπέδειξαν 19 και 16 υποεκφραζόμενα (downregulated) πρόδρομα και ώριμα miRNAs στους ανταποκρινόμενους, σε σχέση με τους μη-ανταποκρινόμενους άνδρες ασθενείς, καθώς και 9 και 7 υπερεκφραζόμενα (upregulated) πρόδρομα και ώριμα miRNA αντίστοιχα, πριν την έναρξη της θεραπείας με ΑΖΑ. Μετά την θεραπεία για την ίδια σύγκριση βρέθηκε σημαντικά υποεκφραζόμενο το hsa-miR-144-5p, καθώς και 5 πρόδρομα miRNA (hsa-mir-192, hsa-mir-451a, hsa-mir-451b, hsa-mir-584, hsa-mir-4508). Στις γυναίκες ασθενείς δεν παρατηρήθηναν στατιστικά σημαντικές διαφοροποιήσεις του εκφραζόμενου προφίλ miRNAs σε καμία πειραματική συνθήκη (πριν ή μετά τη θεραπεία με ΑΖΑ). Συμπερασματικά, η ανάλυσή μας ανέδειξε τα πρότυπα διαφορικής έκφρασης των miRNAs πριν και μετά τη θεραπεία με ΑΖΑ, τα οποία διαφοροποιούνται περαιτέρω σε σχέση με το φύλο και υποδεικνύουν την ανάγκη για εξατομικευμένη αντιμετώπιση των ασθενών με ΜΔΣ.